Dvacet let po událostech Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život jako Thomas A. Anderson v San Francisku, kde mu jeho terapeut předepisuje modré kapsle. Ani on, ani Trinity se navzájem nepoznávají. Morpheus mu však nabídne červenou kapsli a znovu otevře jeho mysl světu Matrixu.